Treadstone era un programa de alto secreto de operaciones encubiertas que utilizaba diferentes formas de modificación del comportamiento humano y un entrenamiento extremo para convertir a los reclutas en armas casi sobrehumanas. Treadstone se creó como respuesta a una Ley del Congreso que prohibió los asesinatos, y se cerró oficialmente después de que Jason Bourne lo pusiera al descubierto. La serie comienza cuando la CIA se entera de que alguien está "despertando" a estos agentes…