Amano Yukiteru (Primero) es un chico solitario que pasa su tiempo escribiendo en su diario, jugando a los dardos y hablando con un amigo imaginario, Deus Ex Machina. Una mañana se da cuenta que las entradas para todo el día ya estaban escritas en el diario. Más extraño aún, los acontecimientos descritos en el diario empiezan a hacerse realidad. Deus, quien revela que él es Dios, advierte que si pierde o rompe su diario, va a morir. Como comienza a utilizar el diario para su beneficio, es abordado por una acosadora llamada Yuno Gasai (Segunda), otra portadora de un diario del futuro que predice la muerte de Yukiteru a manos de un asesino en serie, quien es a su vez, otro propietario de un diario del futuro (Tercero). Yuno elabora un plan para eliminar a Tercero el cual es exitoso y termina con que Yuki lanza un dardo y destruye el diario de Tercero, causando su muerte. Posteriormente, Deus revela a Yukiteru que ha creado un juego de supervivencia, en el cual ha dado diarios del futuro a doce personas (cada una llamada por un número ordinal). Las reglas del juego son simples, el último que sobreviva será el sucesor de Deus, el nuevo Dios del tiempo y el espacio.