Desde la desaparición del emperador más malvado de Britannia, hace un año, el mundo ha disfrutado de una paz sin precedentes bajo la dirección de la Unión Federativa de Naciones. Sin embargo, esta calma se termina abruptamente cuando los militantes armados secuestran a la ex princesa Nunnally vi Britannia y Suzaku Kururugi, el asesor principal de los Caballeros Negros, lo que desencadena una crisis internacional. El poderoso y poco confiable Reino de Zilkhstan es acusado de orquestar su captura. Para investigar a fondo los hechos, las autoridades mundiales envían a Kallen Stadtfeld y sus asociados en una operación encubierta al país.
Allí, se encuentran con la bruja inmortal C.C., quien se encuentra en una misión para completar la resurrección del hombre responsable de la mayor revolución de la historia: una leyenda que se levantará, tomará el mando y buscará salvar al mundo del peligro una vez más.