Diez meses despues de lo ocurrido en “Infernal Affairs I”, Ming (Andy Lau) es transferido a la sección de Asuntos Internos. Mientras tanto, un nuevo agente emerge en el cuerpo de policía, se trata de Yeung (Leon Lai), del cual Ming sospecha que puede tratarse de otro topo enviado por las triadas. Tres años antes, Yan (Tony Leung) entra a formar parte de la banda de Sam (Eric Tsang), sin embargo este no se lo va a poner fácil y le obliga a ponerse en situación de riesgo mientras negocian con Shen (Chen Daoming), un misterioso mafioso de China. Por miedo a que Yan esté fuera de control, el superindentendente Wong (Anthony Wong) envía a su agente a la doctora Lee (Kelly Chen). Poco a poco, Yan irá desarrollando una amistad muy especial con la psicóloga.