La serie se centra en el viaje de la legión a traves del tiempo para recrutar a Superman en su lucha contra el crimen en el Siglo 31, pero ellos llegan a Smallville, y contactan a Superman antes que el haya tenido la oportunidad de desarrollar totalmente sus poderes. Superman, la inspiración de la Legión, tendra que aprender como ser un héroe. La serie cuenta con el equipo base consistente en Bouncing Boy, Brainiac 5, Lightning Lad, Phantom Girl, Saturn Girl, Superman, y Timber Wolf mientras otros legionarios como Cosmic Boy, Colossal Boy, Ferro Lad, Matter-Eater Lad, y Triplicate Girl apareceran en varios episodios. La legion de villanos clasicos como los cinco fatales, Starfinger, y Sun-Eater tendran aparición. Otros legionarios tendran apariciones esporadicas incluyendo a Blok, Dream girl, Element Lad, Shrinking Violet, Star Boy, Sun Boy, y Tyroc Esta serie, por supuesto no tiene relacion directa con la continuidad del universo DC, Algunos carácteres, villanos y argumentos de varios episodios fueron inspirados en historias de la Edad de plata de la Legión, o en la serie de Adventure Comics,antes que en la continuidad de la serie de Waid/Kitson. La Legión de Superhéroes en el Siglo 31, destaca una mezcla de nuevas historias y episodios adaptados.